出力項目設定が正しくされていない可能性があります。

管理 ＞ メニュー ＞ メンバー種別・集計ルール ＞ 共通 ＞ 給与ソフト向けデータ ＞ 出力項目設定 から、出力項目が正しく設定されているか、ご確認ください。

出力項目設定の変更を行っていない場合、CSVファイルの「所定労働出勤日数」に 『出勤日数』を出力しており、「総労働日数」には何も出力しない設定になっています。
もし、CSVファイルの「総労働日数」に『出勤日数』を出力したい場合、出力項目設定の「総労働日数」の各メンバー種別に指定されている「（指定なし）」をタッチし、『出勤日数』を選択してください。

また、「総労働日数」に、出勤日数と休出日数の合計を出力したい場合、下記手順で出力可能となります。

1. 管理 ＞ メニュー ＞ メンバー種別・集計ルール ＞ （対象のメンバー種別）
　 ＞ 集計ルール ＞ 日数・回数 ＞ 詳細設定 ＞ 出勤日数２ の順にタッチし、「利用する」をONにする
2. 同じ画面で 詳細設定 ＞ 休出・休暇の取り扱い の順にタッチし、「休出日数を含む」をONにする
3. 前のページまで戻り、集計ルールを保存した上で、出力項目設定画面を開き直す
4. 該当メンバー種別の「総労働日数」をタッチし、『出勤日数２』を選択し、保存をタッチする

設定を終えた後、データ出力にて、給与ソフト向けデータを出力し、設定された内容が正しいかご確認ください。