可能です。

「休憩を打刻に基づいて集計する」という設定を行い
休憩に入るときにOUT打刻、休憩から戻るときにIN打刻を行うことで、
OUT～IN間の時間を休憩時間として計上することができます。

詳しい解説は、休憩時間を休憩打刻に基づいて集計するをご覧ください。